Кен Канеки най-накрая дойде да приеме чудовищната, плътска страна на себе си, която толкова дълго се е страхувал и презрял. След като избяга от плен и изтезания, Канеки се присъединява към Tree Aogiri - многобройната войнска организация, която го е отвлякла, като накара приятелите си да разпитат истинския му мотив и лоялност.

Тъй като напрежението между правителството и духовете продължава да се увеличава, Комисията на Counter Ghoul, специализираната агенция на правителството срещу антихеологията, засили усилията си за пълно очистване на Токио от духове. Това заплашва преходния мир на приятелите на Канеки и бивши другари - духовете в кафенето Anteiku. Осъзнавайки опасната ситуация, Канеки е изправен пред няколко битки, които поставят скъпоценното си човечество на линията.